Niepodległość i koniec ekspansji
Dwie wojny doprowadziły do końca polityki ekspancji. Zwycięstwo Szwabii, wojna na północy i włoskie kampanie na południu, w których Konfederaci zostali pokonani.
Woja szwabska
Po pokonaniu Burgundii, Konfederacja stała się dominującą siłą w południowych Niemczech. Szlachta Szwabii, na czele z Habsburgami, bezskutecznie przeciwdziałała rosnącym wpływom konfederatów w Europie Centralnej w Wojnie Waldshut w 1468 r. i Wojnie Szwabskiej w 1499 r. Oficjalnie, Wojna Szwabska miała wprowadzić w życie reformy cesarskie z 1495 r., ale rzeczywiście była to ostania próba Habsburgów zapanowania nad konfederatami. W czasie Pokoju Bazylijskiego, niemiecki król Maksymilian I musiał uznać niepodległość Konfederacji w ramach Świętego Cesarstwa Rzymskiego. Konfederaci pozostali w Imperium do roku 1648. Wojna Szwabska zakończyła ekspansję Konfederacji w kierunku północnym.Kampanie włoskie
Po wojnie szwabskiej, konfederaci również brali udział w bitwach o zamożne miasta w północnych Włoszech (walki toczyły największe potęgi europejskie: Habsburgowie, Valois - królowie Francji, papiestwo).Podczas 15-letniej walki o Mediolan, kofederaci na poczatku wspierali Francję przed włączeniem i wsparciem papiestwa w 1510 r. w walkę o miasto. Odzyskali Mediolan od Franzuzów w 1512 r. Po przełomowej bitwie z Francuzami w Novara (1513 r.), wydawało się, że konfederaci chcieli kontynuować ekspansję w kierunku Lombardii. Marzenia zostały jednak rozbite dwa lata później, kiedy Francuzi razem z ich sojusznikami, Wenecjanami, najechali na szwajcarskie Marignano.
Niemniej jednak, w traktacie pokojowym postanowiono, że konfederaci zatrzymają wszystko co jest obecnie kantonem Ticino wraz z terenami dzisiejszych Włoch.
Bitwa pod Marignano uważana jest za punkt zwrotny w historii Szwajcarii. Nie tylko zakończyła się na zawsze ekspansja militarna Konfederacji, ale także był to początek szwajcarskiej neutralności.
Taka neutralność jest kontrowersyjna ze względu na najemne sojusze z Francją. Eksport szwajcarskich najemników z różnych stron Konfederacji utrzymał się po 1515 r. W końcu został zakazany w 1859 r. Od tego czasu, jedynym wyjątkiem jest Szwajcarska Gwardia Papieska.