Révoltes paysannes et paix des religions
Les conflits entre les suzerains et les vassaux des contrées de Lucerne, Berne, Soleure et Bâle ont connu leur point culminant en Suisse, en 1653, lors de la guerre des Paysans. Les guerres de Villmerg de 1656 et 1702, déclenchées pour des motifs religieux, ont entraîné la fin de la position prédominante du catholicisme.
Les révoltes paysannes
Pendant la guerre de Trente Ans aussi, il y eut régulièrement des révoltes de la part des paysans, pour protester contre les impôts élevés, qui étaient prélevés par les cantons villes.Le conflit a finalement éclaté quand les autorités de Berne et de Lucerne ont effectué, en 1653, une dépréciation de la monnaie. La colère des paysans bernois et lucernois s'est propagée également aux cantons de Soleure et Bâle. Les révoltes des paysans ont cependant été écrasées rapidement: dès le mois de juin, les autorités avaient repris le contrôle sur les cantons.
Finalement, toutes les révoltes ont pu être réprimées. Les meneurs ont été sanctionnés par des amendes, l'exil, ou la mort. Malgré la répression sanglante, la guerre des paysans a eu un impact durable. Jusqu'en 1798, les autorités n'ont plus osé prélever des impôts directs sur les paysans. Les villes n'ont donc pas disposé de moyens financiers suffisants pour mettre en place des armées permanentes et des appareils administratifs. Le système suisse de milices peu onéreux, pour l'administration et l'armée, maintenu en partie jusqu'au 20e siècle, est une conséquence de la guerre des paysans.
Les guerres de Villmerg
Depuis la Réforme, il existait en Suisse un clivage entre les contrées villes réformées, plutôt centralisés et progressives et les contrées campagnardes catholiques, plutôt particularistes et conservatrices. Après leur victoire lors de la deuxième guerre de Kappel, les contrées catholiques ont pu, lors du deuxième traité de paix de Kappel, obtenir, en plus des gains de territoire, également une position de pouvoir prédominante au sein de la Confédération.Le fait que les Confédérés aient pu s'entendre pour ne pas prendre part à la guerre de Trente Ans ne signifie pas pour autant qu'ils avaient réglé leurs conflits religieux internes. Au contraire: Deux autres guerres de religion ont eu lieu au cours d'une période de 60 ans. Comme les batailles décisives ont eu lieu à Villmerg (qui fait aujourd'hui partie du canton d'Argovie), ces luttes portent le nom de première et deuxième guerre de Villmerg.
La première guerre (1656) s'est déclenchée, à la suite d'une tentative de Zurich d'améliorer la situation des protestants dans les cantons dominés par les catholiques. Elle se termina par une défaite des protestants.
Les déclencheur de la deuxième guerre (1712) était un litige entre Toggenburg réformée et le monastère de St. Gall concernant la construction d'une route, qui devait relier les cantons (catholiques) du centre du pays avec le sud de l'Allemagne (également catholique). Les habitants de Toggenburg ont reçu le soutien de Berne et Lucerne et ont vaincu les catholiques.
Dans le traité de paix qui fut signé ensuite, les rapports de pouvoir entre les cantons catholiques et protestants avaient changé, c-à-d que les cantons catholiques avaient perdu leur position dominante. Lors de la paix d'Argovie du 11 août 1712, le quatrième traité de paix dans l'histoire de la Confédération, Berne et Zurich ont assuré leur domination sur les baillages communs (ces territoires qui avaient été conquis par plusieurs anciennes contrées alliées et administrées en baillages communs). C'est ainsi que s'est terminée l'hégémonie politique des catholiques sur les baillages communs qui durait depuis 1531. Dans le même temps, cela signifiait aussi la mise en place d'une paix religieuse équilibrée dans l'ancienne Confédération.
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