农民起义与宗教和平

农民起义

30年战争期间，农民为反抗城市州所征收的重税而不断起义。
冲突最终于1653年2月达到顶峰，当时伯尔尼和琉森政府将其货币大幅 贬值。伯尔尼和琉森农民的愤怒也传到了索洛图恩和巴塞尔州。农民起义很快被镇压下去，6月底，政府重新控制了这些州。
所有的起义最终都被镇压下去，起义领袖被罚款、流放或处死。尽管遭到了血腥镇压，农民战争依然产生了 深远的影响。到1798年，政府不敢再直接向农民征税。这导致城市缺乏财力来扩充规划中的常备军和政府机构。管理和军事上都非常成功的 瑞士民兵制度（在某些情况下一直延续到20世纪）就是农民战争的产物。

维尔梅根战争

在瑞士，从宗教改革运动开始后，开展宗教改革而且更加集中和发达的城市地区与信奉天主教、强调各州自主独立、相对保守的农村地区之间产生了裂隙。信奉天主教的地区在第二次卡佩尔战争中获胜以后，《第二次卡佩尔战争和约》使这些地区得以在联邦内加强对他们领土收益的政治管理。
联邦能够同意不卷入30年战争并不意味着联邦成员已经解决了他们之间的宗教冲突。正相反，60年间爆发了另外两次宗教战争。这两次战争都发生在维尔梅根（现在是阿尔高州的一部分），分别被称为第一次和第二次 维尔梅根战争 。
1656年爆发的第一次战争其原因是苏黎世试图在天主教统治区提高新教的地位，但最终以新教失败而告终。
1712年的第二次战争爆发的原因是吐根堡 的改革派居民与 圣加仑修道院就修建一条连接中部（天主教）各州与德意志南部（天主教）地区的公路而发生争执。伯尔尼 和 苏黎世 支持吐根堡人，最终击败了信奉天主教的一方。
随后签署的和约改变了天主教和新教各州的平衡。天主教 不再占主导地位。1712年8月11日签署的所谓《阿劳和约》 是联邦历史上的第四个和约，使伯尔尼和苏黎世获得了公用领地（由多个有统治权的“旧地方”征服并通常作为辖区管理的地区）的统治权。因此，自1531年起，“天主教地方”在公共领地现有的政治统治被终止。与此同时，这也意味着旧联邦中恢复了平衡的 宗教和平 。

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