農民起義與宗教和平

農民起義

30年戰爭期間，農民爲反抗城市州所征收的重稅而不斷起義。
衝突最終于1653年2月達到頂峰，當時伯爾尼和琉森政府將其貨幣大幅 貶值。伯爾尼和琉森農民的憤怒也傳到了索洛圖恩和巴塞爾州。農民起義很快被鎮壓下去，6月底，政府重新控制了這些州。
所有的起義最終都被鎮壓下去，起義領袖被罰款、流放或處死。盡管遭到了血腥鎮壓，農民戰爭依然産生了 深遠的影響。到1798年，政府不敢再直接向農民征稅。這導致城市缺乏財力來擴充規劃中的常備軍和政府機構。管理和軍事上都非常成功的 瑞士民兵制度（在某些情況下一直延續到20世紀）就是農民戰爭的産物。

維爾梅根戰爭

在瑞士，從宗教改革運動開始後，開展宗教改革而且更加集中和發達的城市地區與信奉天主教、強調各州自主獨立、相對保守的農村地區之間産生了裂隙。信奉天主教的地區在第二次卡佩爾戰爭中獲勝以後，《第二次卡佩爾戰爭和約》使這些地區得以在聯邦內加強對他們領土收益的政治管理。
聯邦能夠同意不卷入30年戰爭並不意味著聯邦成員已經解決了他們之間的宗教衝突。正相反，60年間爆發了另外兩次宗教戰爭。這兩次戰爭都發生在維爾梅根（現在是阿爾高州的一部分），分別被稱爲第一次和第二次 維爾梅根戰爭 。
1656年爆發的第一次戰爭其原因是蘇黎世試圖在天主教統治區提高新教的地位，但最終以新教失敗而告終。
1712年的第二次戰爭爆發的原因是吐根堡 的改革派居民與 聖加侖修道院就修建一條連接中部（天主教）各州與德意志南部（天主教）地區的公路而發生爭執。伯爾尼 和 蘇黎世 支持吐根堡人，最終擊敗了信奉天主教的一方。
隨後簽署的和約改變了天主教和新教各州的平衡。天主教 不再占主導地位。1712年8月11日簽署的所謂《阿勞和約》 是聯邦曆史上的第四個和約，使伯爾尼和蘇黎世獲得了公用領地（由多個有統治權的“舊地方”征服並通常作爲轄區管理的地區）的統治權。因此，自1531年起，“天主教地方”在公共領地現有的政治統治被終止。與此同時，這也意味著舊聯邦中恢複了平衡的 宗教和平 。