拿破仑和瑞士
拿破仑认识到，由于语言、文化和宗教差异巨大，瑞士无法成为一个统一的中央集权国家。因此，他建议起草一部联邦宪法。
自18世纪末起，瑞士进入了法国的势力范围，无法摆脱欧洲爆发的战争。1799年，瑞士成为一个非自愿的战场，因为奥地利和俄国的军队试图赶走法国人。大量外国军队的出现使这个国家变得更加贫穷。
1799年至1803年间，海尔维第共和国共出现了 四次政变 。各州的划界以及联邦宪法都在这一时期发生了一些变化。事实证明，海尔维第共和国很难统治，因为议会分裂成联邦派和中央集权派。这种情况最终演变成一场内战（杵棒战争），这使得拿破仑以 "海尔维第调停人"的身份再次干涉瑞士的事务。
1803年3月， 《调停法令》 通过，旧的州体制得以恢复，以前的臣服领地获得了正式州的地位。这使得联邦在1803年又增加了6个州 (阿尔高、格劳宾登、圣加仑、图尔高、提契诺和沃州)。
新宪法承认了瑞士的 中立性，但瑞士依然被迫向法国提供军队。许多瑞士人为法国战死，他们最著名的功勋是在1812年拿破仑从莫斯科撤退时在贝尔齐纳河战役中建立的。当时，1300名瑞士士兵战斗了整整一天，阻击俄军4万人的进攻，使其他部队得以通过浮桥渡河。大部分瑞士人丢掉了自己的性命，而法国军队则避免了全部被歼灭的命运。
拿破仑之后的瑞士
在俄国战役（1812年）失败后，瑞士出现了反对拿破仑的情绪。这使得瑞士转向由奥地利领导的联盟，因为瑞士人希望结束法国对瑞士的影响。革命前的政府于1813年再次在瑞士掌权，旧的州体制以及相关的社会和政治不平等再次出现。不过，尽管以前的领主表示反对，新 州并没有被废除。
根据1815年签订的新《联邦协定》，各州几乎恢复了所有的统治权，外交事务除外。
瓦莱、纳沙泰尔 和 日内瓦于1815年加入瑞士联邦。 从法国收回了巴塞尔（汝拉）的主教辖区，大部分划归伯尔尼。这是到目前为止瑞士边境最后一次显著的变化。