拿破侖和瑞士

自18世紀末起，瑞士進入了法國的勢力範圍，無法擺脫歐洲爆發的戰爭。1799年，瑞士成爲一個非自願的戰場，因爲奧地利和俄國的軍隊試圖趕走法國人。大量外國軍隊的出現使這個國家變得更加貧窮。
1799年至1803年間，海爾維第共和國共出現了 四次政變 。各州的劃界以及聯邦憲法都在這一時期發生了一些變化。事實證明，海爾維第共和國很難統治，因爲議會分裂成聯邦派和中央集權派。這種情況最終演變成一場內戰（杵棒戰爭），這使得拿破侖以 "海爾維第調停人"的身份再次幹涉瑞士的事務。
1803年3月， 《調停法令》 通過，舊的州體制得以恢複，以前的臣服領地獲得了正式州的地位。這使得聯邦在1803年又增加了6個州 (阿爾高、格勞賓登、聖加侖、圖爾高、提契諾和沃州)。
新憲法承認了瑞士的 中立性，但瑞士依然被迫向法國提供軍隊。許多瑞士人爲法國戰死，他們最著名的功勳是在1812年拿破侖從莫斯科撤退時在貝爾齊納河戰役中建立的。當時，1300名瑞士士兵戰鬥了整整一天，阻擊俄軍4萬人的進攻，使其他部隊得以通過浮橋渡河。大部分瑞士人丟掉了自己的性命，而法國軍隊則避免了全部被殲滅的命運。

拿破侖之後的瑞士

在俄國戰役（1812年）失敗後，瑞士出現了反對拿破侖的情緒。這使得瑞士轉向由奧地利領導的聯盟，因爲瑞士人希望結束法國對瑞士的影響。
革命前的政府于1813年再次在瑞士掌權，舊的州體制以及相關的社會和政治不平等再次出現。不過，盡管以前的領主表示反對，新 州並沒有被廢除。
根據1815年簽訂的新《聯邦協定》，各州幾乎恢複了所有的統治權，外交事務除外。
瓦萊、納沙泰爾 和 日內瓦于1815年加入瑞士聯邦。 從法國收回了巴塞爾（汝拉）的主教轄區，大部分劃歸伯爾尼。這是到目前爲止瑞士邊境最後一次顯著的變化。