糾紛和勃艮第戰爭
聯邦的擴張並非一帆風順。來自外部的危險消除之後，各州更加關注自己的利益——反之亦然。
蘇黎世與聯邦其他成員
1436年，吐根堡王朝的最後一位統治者去世以後， 蘇黎世 和 施維茨爲爭奪其遺産爆發衝突。蘇黎世拒絕接受特別法庭的裁決轉而，尋求奧地利的支持。爲了獲得支持，蘇黎世甚至將部分領土割讓給奧地利。1444年，奧地利說服法國軍隊與蘇黎世並肩戰鬥，並在St. Jakob an der Birs戰役中擊敗了瑞士聯邦軍隊。直到1450年才達成和平協定：蘇黎世放棄與奧地利的結盟並同意以後不再結成此類同盟。城市與農村地區
對聯邦命運的第二次威脅來自激化的政治和社會矛盾。獨立的聯盟成員始終擁有 自由結盟的權利，但1477年勃艮第戰爭結束後，城市成員與其他城市結成了衆多聯盟，以至于農村成員害怕聯邦內的平衡會被打破。農村州特別關注的一個焦點是希望城市州提升 索洛圖恩 和 弗裏堡相關城市的地位，使其成爲聯邦的正式成員。勃艮第戰爭之後，外部威脅再次使聯邦更緊密地團結在一起，最終于1481年在施坦斯會議達成了一個妥協協議。這次會議由被稱爲克勞斯兄弟的尼克勞斯•弗呂艾調解，除了達成其他共識外，同意接收索洛圖恩和弗裏堡爲聯邦正式成員。
勃艮第戰爭
聯邦不是歐洲唯一擴張的勢力。勃艮第公爵領地于14世紀和15世紀得到了迅猛發展，在不到1個世紀的時間裏就成爲歐洲西部最富裕、最雄心勃勃的力量之一。到15世紀中期，勃艮第的領土覆蓋了荷蘭向北一直到法國汝拉弗朗什孔泰（現在的瑞士西部）的遼闊地域。“勇士查理”公爵于1467年掌權，試圖將他的土地連成一片，但伯爾尼將此視爲對自己的威脅。
1476年至1477年，在 格朗松、穆爾藤和 南錫戰役中，伯爾尼人在聯邦其他成員的幫助下擊敗了勃艮第軍隊。
勇士查理與聯邦的關系一直非常緊張。在穆爾藤戰役前，查理宣布，任何落入他手中的聯邦成員都將與他並肩作戰，從而永遠消滅這一野蠻民族。獲勝的瑞士人做出了這樣的回應：逃跑的勃艮第士兵被“像聖誕節烤鵝一樣串起來”，他們的頭顱“就像人砸開堅果一樣”被砸碎，這都是當時的記載。“像穆爾藤人一樣冷酷”這一俗語進入了當地的語言。一種有時會使湖水變成紅色的水藻也被俗稱爲“勃艮第人的血”。勇士查理本人也在與聯邦進行的南錫戰役中喪生。
與勇士查理領導的勃艮第人交戰所取得的巨大勝利爲 瑞士雇傭兵贏得了卓越的聲譽。從那時起，具有傳奇色彩的雇傭軍服務“Reislaufen”稱爲舊聯邦經濟中的重要部分，在瑞士中部尤其如此。