Niezgoda i wojny burgundzkie
Ekspansja Konfederacji nie przebiegła całkowicie bezproblemowo. Zagrożenie z zewnątrz ustąpiło, przez co kantony były bardziej skłonne dbać o swoje wałsne interesy - i vice versa.
Zurych vs reszta Konfederacji
Po smierci ostatniego hrabiego Toggenburg w 1436 r., wybuchł konflikt pomiędzy Zurychem a Schwyz o jego dziedzictwo. Zurych odmówił przyjęcia wyroku trubunału i zaapelował do Austrii o wsparcie. Aby je uzyksać, oddał część jego terytorium Austrii. W 1444 r. Austria przekonała francuskich najemników do walki po stronie Zurychu. Francuska armia pokonała konfederatów w bitwie pod St Jakob nad Birs. Dopiero w 1459 r. podpisano porozumienie o pokoju. Zurych zrezygnował z sojuszu z Austrią i zgodził się nie zawierać podobnych paktów w przyszłości.Miasta vs tereny wiejskie
Drugim zagrożeniem dla przetrwania Konfederacji były utrzymujące się napięcia polityczne i społeczne. Poszczególni członkowie Konfederacji mieli zawsze prawo do tworzenia ich własnych sojuszy, ale po zakończeniu wojny burgundzkiej w 1477 r., członkowie miast utworzyli wiele nowych sojuszy z innymi miastami, przez co rządzący obawiali się, że równowaga Konfederacji bedzie zachwiana. Kością niezgody pomiędzy kantonami wiejskimi, była ich chęć do rozszerzenia, przez kantony miejskie, statusu miast sojuszniczych Solothurn i Fryburg, do pełnoprawnych członków Konfederacji.Po wojnach burgundzkich, w końcu osiągnięto kompromis na Radzie Państw w 1481 r. Zagrożenie zewnętrzne, po raz kolejny zcaliło Konfederację. W zawarciu porozumienia pośredniczył eremita Nikolaus z Flüe, znany bardziej jako Bruder Klaus. M.in. zaakceptowano włączenie Solothurn i Fryburga jako pełnoprawnych członków Konfederacji.
Wojny burgundzkie
Konfederacja nie była jedyną siłą w Europie w trakcie ekspansji. W XIV i XV wieku nastąpił gwałtowny wzrost księstwa Burgundii. Na przestrzeni wieku, stało się jednym z najbogatszych i najbardziej ambitnych mocarstw w zachodniej Europie.W połowie XV w., terytorium Burgundii rociągało się od Niderlandów na północ do Franche-Comté w Jurze Francuskiej, które jest na zachód od obszaru dzisiejszej Szwajcarii. Książę Karol Śmiały, który doszedł do władzy w 1467 r., starał się połączyć swoje ziemie, ale Berno widziało w tym zagrożenie dla siebie.
W latach 1476-1477 w bitwach pod Grandson, Murten (Morat) i Nancy, Bereńczycy z pomocą Konfederacji pokonali armię burgundzką.
Relacje pomiędzy Karolem Śmiałym a Konfederacją były zawsze napięte. Przed bitwą pod Murten, Karol Śmiały ogłosił, że każdy konfederata, który wpadnie w jego ręce będzie walczyć po jego stronie tak, by ci brutalni ludzie zostali wytępieni raz na zawsze. Zwycięzscy Szwajcarzy odpowiedzieli w ten sposób: pierzchający burgundzcy żołnierze byli " nadziewani na rożen jak świąteczne gęsi", ich czaszki pękały " niczym skorupy orzechów", jeśli wierzyć współczesnym opisom. Wyrażenie "tak okrutny jak Murten" weszło do lokalnego języka. Rodzaj alg pojawiających się czasami w jeziorze i barwiących wodę na czerwono, jest powszechnie zany jako "krew Burgundów". Karol Śmiały zginłą w bitwie pod Nancy przeciwko konfederatom.
Spektakularne zwycięstwo Konfederacji nad Burgundią, której przywódcą był Karol Śmiały, wystawiło doskonałą reputację szwajcarskim najemnikom. Od tego czasu, legendarny "Reislaufen", usługi wojskowe z zagranicznym wynagrodzeniem, tworzył istotną część gospodarki starej Konfederacji, zwłaszcza w środkowej Szwajcarii.