衝突和宗教戰爭

征服沃州

1525年，蘇黎世正式開始宗教改革，該州成爲瑞士宗教改革的第一州。 茨溫利的學說對經濟最發達城市的城市居民很有吸引力。除索羅圖恩和弗裏堡外，大部分城市都轉向新教。

另一方面，茨溫利在瑞士中部教育水平較低的 農村 人口中的影響很小，這不僅有宗教方面的原因，還因爲這部分人將自己看到的一切看作是來自權力過大的蘇黎世。


有些州發現根本無法妥協。進行宗教改革的州組成了一個同盟，而信奉天主教的州則與奧地利的斐迪南公爵結盟。
茨溫利想在整個聯邦推廣新教，但其他信奉新教的州反對與信奉天主教的各州開戰。1529年，信奉新教的各州拒絕了茨溫利就此事提出的建議。1531年，爆發了一場戰爭 (第二次卡佩爾戰爭)，茨溫利在交戰中被殺死。


在隨後簽訂的條約中，宗教改革聯盟解散。不過，各方同意尊重對方的 宗教選擇。


宗教改革運動的興起與伯爾尼向西的 擴張相一致。 統治著沃州一部分的薩瓦很軟弱，使伯爾尼從中受益。
當時，日內瓦的市民與薩瓦支持的日內瓦主教産生了爭執。因此，伯爾尼和日內瓦出于對薩瓦共同的敵意而于1526年結盟。


因爲伯爾尼人擔心軟弱的薩瓦會被法蘭西征服，因此他們于1536年采取行動征服了沃州、 沙布萊 和 熱克斯地區（沙布萊和熱克斯當時都屬于法國）。接著，伯爾尼人在弗裏堡和瓦萊的支持下，入侵 日內瓦。
日內瓦獲准保持其獨立性，作爲一個整體的洛桑和沃州以前也和日內瓦一樣與伯爾尼建立了類似的同盟，但這兩個地方區卻喪失了獨立性。


征服沃州後，伯爾尼立刻強制推行新的 改革派宗教：洛桑和日內瓦成爲法語區的新教中心。伯爾尼人1536年征服沃州，打通了連接薩瓦地區日內瓦的通道，當時日內瓦正在努力爭取自治。不過，直到茨溫利死後的繼承者 海因裏希·布林格于1548年這一危機之年轉向他神學對手加爾文，才出現了後來導致日內瓦融入聯邦的長期宗教調整。

天主教複興與反宗教改革

盡管宗教改革最初在聯邦最強大、人口最多的地區取得了成功，但是天主教也調動了自己的力量進行 反擊。天主教地區的


世俗權力機構接管了主教的許多職責，例如司法和財政，有時甚至還指派牧師。
天主教也向宗教改革運動的領導者學習興建學校，不過這些學校由耶稣會會士管理。 卡爾迪納爾·卡洛·博羅梅奧 (1538年-1584年)對


天主教在瑞士的複興作出了巨大的貢獻。他于1579年在米蘭創建了海爾維第大學，訓練瑞士的牧師。博羅梅奧于1610年成爲聖徒，被視爲瑞士天主教的守護神。
天主教還收複了部分領地。1531年在 卡佩爾獲勝後，一些公共領地重新信奉天主教。1567年，伯爾尼將沙布萊 和 熱克斯地區 歸還給薩瓦，這兩個地區又重新信奉天主教。在信奉天主教的各州幹涉下，瓦萊 也慢慢轉而信奉天主教。
不過，盡管面臨巨大的壓力，其他地區依然信奉新教。其中包括 圖根堡，盡管它屬于聖加侖修道院所有。在有些州，人們可以自由選擇 自己的信仰。格拉魯斯依然搖擺不定 ，而 阿彭策爾 于1597年分裂成信奉天主教的內半州和信奉新教的外半州。