Dwóch reformatorów: Zwingli i Kalwin
Reformacja w Szwajcarii objęła różne ośrodki i reformatorów. Główną rolę odegrał Ulrich Zwingli, który był aktywny od 1523 r. w Zurychu, i Jan Kalwin, który od 1536 r. przekształcił Genewę w tzw. "protestancki Rzym".
Ulrich (lub Huldrych) Zwingli, 1484-1531
Ulrich Zwingli pochodził z bogatej Toggenburg (wschodnia Szwajcaria) rodziny ziemskiej. Jego rodzice mieli wystarczająco dużo pieniędzy, aby zapewnić Ulrichowi doskonałą edukację. Miał dar do języków i potrafił czytać Biblię w języku greckim i hebrajskim. Po tym jak przeżył katastrofę i zarazę w Marignano, zaczął traktować Biblię jako najważniejszą miarę spraw religijnych i przeprowadził reformę kościoła w Zurychu w 1519 r. Doprowadziło to do powstania Kościoła Reformowanego. Zwingli sprzeciwiał się czci obrazów, z relikwiami i świętym, a także celibatowi i eucharystii. Starał się szerzyć reformację w całej Szwajcarii, a jako polityk marzył o wzmocnieniu w Konfederacji zreformowanej wiary. Jednym z jego największych sukcesów było wprowadzenie nowej wiary w rodzinnym mieście Zurychu w 1528 r. W tym czasie, Zurych był po stronie koalicji francusko-niemieckiej przeciwko Habsburgom i papieżowi – wprowadzenie reformacji można postrzegać jako aspekt polityczny. Później za przykładem Zurychu podążyły <>Bazylea, Szafuza i St. Gallen jak również Berno. Wprowadzenie reformacji zakończyło się sukcesem w Appenzell, Glarus i Trzech Ligach a także w Thurgau, w Dolinie Renu i Opactwie St. Gall.Zwingli umarł w 1531 r. w walce przeciwko żołnierzom katolickim z centralnej Szwajcarii.
Jan Kalwin, 1509-1564
Jan Kalwin był Francuzem, który przybył do Genewy w 1536 r. po raz pierwszy po zerwaniu z kościołem rzymskokatolickim. Genewa w tym czasie nie była częścią Konfederacji, ale miała bliskie stosunki z Bernem i Zurychem.W 1538 r., Kalwin opuscił Genewę, gdzie ludność zbuntowała się przeciwko jego surowym normom moralnym. W 1541 r. jego zwolennicy przywiźli go z powrotem i kontynuował on swoją pracę reformacji. Chociaż jego postawa nie zmieniła się, działał bardziej skutecznie i udało mu się przekonać rząd do swoich zasad. Kalwin opowiadał się za ciężką praca, uważał, że bogactwo było nagrodą od Boga.
Filozofia sprzyjała rozwojowi nowoczesnego kapitalizmu. Kalwin popierał dobre wykształcenie w nauce i sztuce, a także promował rzemiosło i handel, które prowadziły Genewę do stania się kwitnącym miastem.
Genewa pod wpływem Kalwina
Praca Kalwina miała wielki wpływ na Genewę. Jego próba przeniesienia władzy w ręce kleru nie pozostała obojętna nikomu - niektórzy byli nastawieni entuzjastycznie, podczas gdy inni uważali to za niedorzeczny pomysł. Genewa była nawet szyderczo nazywana "Hieropolis" (święte miasto).Charakter Genewy zmieniał się stale pod wpływem Kalwina, nie tylko ze względu na nową formę rządów, którą przedstawił, ale także z powodu ogromnego napływu z takich krajów jak Francja, Włochy, Niderlandy i Anglia, na skutek wzrostu prześladowań protestantów w Europie. Nowi przybysze opierali się zwolennikom Kalwina i powodowali rozgoryczenie wśród wielu rodzimych mieszkańców Genewy, którzy widzieli ich jako zagrożenie. W 1555 r. powstało przeciwko nim powstanie, które upadło.
Niektórzy uchodźcy byli szkoleni do służby i szerzenia nauki Kalwina. Był to m.in. John Knox, założyciel kościoła Szkocji.
Wśród uchodźców było wielu drukarzy i wydawców. Mieli oni wielki wkład w rozprzestrzenianiu myśli reformacji. "Académie de Genève" (obecnie uniwersytet) została założona w 1559 r. Akademia z seminarium teologicznym i humanistycznym przyciągała wielu studentów do Genewy.
Wśród uchodźców, którzy przybyli do Genewy w czasie reformacji, było także wielu rzemieślników, bankierów, i innych specjalistów, którzy przyczynili się do rozwoju miasta.
Książę Karol Emanuel I z Savoy podjął ostatnią próbę odzyskania Genewy w 1602 r. ale nocny atak został powstrzymany przez mieszkańców. Incydent znany jest jako wspinaczka po drabinach, po tym gdy wojska sabaudzkie użyły drabin do sforsowania murów miejskich.